Saint Germain fut évêque de Besançon après saint Désiré. Il eut affaire à quel ques païens ou hérétiques étrangers, qui avaient trouvé crédit dans la cité. Il les combattit par la puissance de ses jeûnes, de ses prières et de ses prédications. Il allait même les rechercher jusque dans la ville de Grandfontaine, où se trouvaient leurs principales retraites. Grandfontaine était alors une bourgade romaine entourée de murs et défendue par des tours. L'histoire dit que les méchants, ayant longtemps épié le saint, le surprirent un jour priant seul dans l'église. Ils le firent mourir en le perçant de flèches, et puis ils lui tranchèrent la tête.
La tradition ajoute que saint Germain, ayant été décapité, reçut sa tête entre ses bras, se releva et se dirigea vers Baume, où il avait établi un couvent de femmes. La même tradition ajoute encore que quand le saint sortit du bourg, la terre trembla, et que les tours ainsi que les murailles d'enceinte tombèrent. Il chemina sous la conduite des anges et, avant d'aller se reposer dans sa couche de marbre, à l'abbaye de Baume, il fit le tour des murs de Besançon.
Quoiqu'il en soit de cette légende, que les historiens expliquent aisément en l'appliquant au don qui a été fait des reliques de saint Germain à l'abbaye de Baume, postérieurement à la mort de ce martyr, l'église de Baume possède encore aujourd'hui les reliques de saint Germain, qui de tout temps y ont été honorées du plus grand respect. Elles sont placées dans un buste du saint, en argent, et dans un bras de même métal. Saint Germain est considéré comme le protecteur spécial de la paroisse de Baume. On expose ses reliques à la vénération des fidèles dans les temps de calamités.
